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Dans une interview parue dans Le Monde du 12 mai 2009, le Pr Flahault avait prévu 30 000 décès dus à la grippe A(H1N1) contre 6 000 morts par la grippe saisonnière. Interrogé sur ses prévisions mardi 27 et mercredi 28 avril par les commissions d'enquête de l'Assemblée nationale et du Sénat, l’épidémiologiste a reconnu s’être « trompé » sur ses prévisions, mais « ce n'était pas catastrophiste et absurde ».
Antoine Flahault s'est montré, en revanche, très critique sur l'absence d'études de terrain sur l'efficacité de la vaccination de masse comme mesure barrière. Le seuil de 30 % de vaccination pour arrêter une épidémie est issu d'un modèle mathématique élaboré par l’épidémiologiste, mais qui n'a jamais été vérifié.
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